1. CASE 문 그대로 WHERE 절에 사용 할 수 있습니다. 다만, 복잡한 구문이 반복적으로 사용이 되죠.
2. 인라인뷰를 사용하면 간단한 알리아스에 조건 줄 수 있습니다.
 

--  CASE 구문을 조금 다르게 구성해 봤습니다. (서브쿼리 4회 -> 1회)
SELECT *
  FROM (SELECT ...
             , (SELECT cd_nm
                  FROM ba100t
                 WHERE major_cd = 'S060'
                   AND minor_cd = CASE WHEN a.sale_qty <> 0 AND ISNULL(g.qty, 0) = 0 THEN '4'
                                       WHEN a.sale_qty = G.QTY                       THEN '1'
                                       WHEN a.sale_qty > ISNULL(g.qty, 0)            THEN '3'
                                       WHEN a.sale_qty < ISNULL(g.qty, 0)            THEN '2'
                                   END
                ) AS whats
          FROM a_table a
          JOIN g_table g
         ...
        ) a
 WHERE ...
   AND whats = @whats
;

-- 서브쿼리를 조인으로 풀어 볼 수도 있습니다.
SELECT ...
     , x.cd_nm AS whats
  FROM a_table a
  JOIN g_table g
  JOIN ba100t  x
    ON x.major_cd = 'S060'
   AND x.minor_cd = CASE WHEN a.sale_qty <> 0 AND ISNULL(g.qty, 0) = 0 THEN '4'
                         WHEN a.sale_qty = G.QTY                       THEN '1'
                         WHEN a.sale_qty > ISNULL(g.qty, 0)            THEN '3'
                         WHEN a.sale_qty < ISNULL(g.qty, 0)            THEN '2'
                     END
 WHERE ...
   AND x.cd_nm = @whats
;