1. NULL 비교
  != NULL 은 잘못된 조건으로 항상 거짓이 됩니다.
  NULL 비교는 IS NULL / IS NOT NULL 을 사용해야 합니다.
  오라클에서의 '' 은 NULL 과 동일합니다.
  = '' 도 마찬가지로 잘못된 조건입니다.
2. NVL 처리는 왜 하는건지 모르겠네요?
  불필요한 처리입니다.
3. 전체적인 조건이 이해가 가지 않는 조건입니다.
  원하시는 조건을 말로 풀어서 해주세요.
  CASE 없이도 AND 와 OR 와 괄호로 원하시는 조건을 줄 수 있습니다.

말이 안되는 조건도 포함이 되어 있고, 불필요한 부분도 많이 보입니다.
NVL 처리는 불필요한 처리입니다.
OR NVL(J.JOB_CLASS_CD, ' ' ) = '' <--- 이 조건은 절대로 참이 될 수 없는 조건으로 빼도 되는 조건입니다.
J.ORG_CD is null 인경우에
AND NVL(J.ORG_CD, ' ' ) = '036101' 이 조건은 절대로 참이 될 수 없는 조건으로
J.ORG_CD is null 인경우에 하위 조건을 만족할 수 있는 경우가 절대로 없습니다.
조건을 전반적으로 잘못 파악하고 계신 것 같네요.

위 요구사항을 오류를 머금은 채로 그대로 반영한다면?
조건은 다음과 같이 간략화 됩니다.

SELECT *
  FROM table j
 WHERE 1=1
   AND j.org_cd IS NOT NULL
   AND (j.duty_cd = '004' OR j.org_cd = '036101')
;

하지만 이게 원하는 조건은 아닐 것으로 생각됩니다.
말도 안되는 오류 쿼리로 질문하지 마시고.
그냥 요구사항을 우리말로 풀어서 적어 보세요.

조건으로 들어 오는 값이 항상 2개 파라미터 인가요?
두개 파라미터에 들어오는 값의 예시 자료 여러 Case 의 조합과
해당 Case 별 나와야 하는 결과자료를
원본테이블과, 입력 조건 대비 결과표 형태로 보여 주세요.

WITH t AS
(
SELECT 1149 id, '004' duty_cd, '' org_cd FROM dual
UNION ALL SELECT 1150, '004', '027300' FROM dual
UNION ALL SELECT 1150, '004', '036101' FROM dual
UNION ALL SELECT 1150, '004', '039001' FROM dual
)
SELECT *
  FROM t
 WHERE duty_cd = :p_duty_cd
   AND NVL(org_cd, 'x') = NVL(:p_org_cd, 'x')
;