일단 생각나는 대로 한번 끄적여 봅니다.

SELECT 
    A.등록번호
    , A.생년월일
    , A.최소진단일자
    , A.진단코드
    , A.진단코드_코드명
    , A.우선코드
    , B.생년월일
    , B.최소진단일자
    , B.진단코드
    , B.진단코드_코드명
    , B.우선코드
    , C.생년월일
    , C.최소진단일자
    , C.진단코드
    , C.진단코드_코드명
    , C.우선코드
FROM MAIN_T A
  LEFT OUTER JOIN MAIN_T B
    ON A.등록번호 = B.등록번호
    AND B.우선코드 = '2'
  LEFT OUTER JOIN MAIN_T C
    ON A.등록번호 = C.등록번호
             AND C.우선코드 = '3'
WHERE A.우선코드 = '1'

;

같은 테이블을 3번 조회 하는거라 효율성이 좋진 않을 것 같습니다.

SELECT 등록번호, 생년월일
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 1 THEN 최소진단일자    END)    최소진단일자_1
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 1 THEN 진단코드        END)        진단코드_1
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 1 THEN 진단코드_코드명 END) 진단코드_코드명_1
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 2 THEN 최소진단일자    END)    최소진단일자_2
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 2 THEN 진단코드        END)        진단코드_2
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 2 THEN 진단코드_코드명 END) 진단코드_코드명_2
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 3 THEN 최소진단일자    END)    최소진단일자_3
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 3 THEN 진단코드        END)        진단코드_3
     , MIN(CASE 우선코드 WHEN 3 THEN 진단코드_코드명 END) 진단코드_코드명_3
  FROM N수데이터
 GROUP BY 등록번호, 생년월일
;

WITH T ( MAIN_NO, YYMMDD, DT, CD, CD_NM, SEQ )
	 AS (SELECT '100'
			   ,'2019-06-09'
			   ,'2019-12-20'
			   ,'DI004195'
			   ,'Encephalitis(뇌염)'
			   ,1
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '101'
			   ,'2017-10-06'
			   ,'2019-09-04'
			   ,'DI004195'
			   ,'Encephalitis(뇌염)'
			   ,1
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '101'
			   ,'2017-10-06'
			   ,'2019-09-06'
			   ,'DI048802'
			   ,'Autoimmune encephalitis(자가면역 뇌염)'
			   ,2
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '102'
			   ,'2019-08-13'
			   ,'2019-12-30'
			   ,'DI047543'
			   ,'Ventriculitis(뇌실염)'
			   ,1
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '103'
			   ,'2004-04-07'
			   ,'2019-10-25'
			   ,'DI048802'
			   ,'Autoimmune encephalitis(자가면역 뇌염)'
			   ,2
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '104'
			   ,'2002-05-02'
			   ,'2019-11-13'
			   ,'DI004188'
			   ,'Acute disseminated encephalomyelitis(급성 파종성 뇌척수염)'
			   ,1
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '105'
			   ,'2006-03-19'
			   ,'2019-12-13'
			   ,'DI004195'
			   ,'Encephalitis(뇌염)'
			   ,1
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '105'
			   ,'2006-03-19'
			   ,'2019-12-13'
			   ,'DI047862'
			   ,'Anti-NMDA receptor encephalitis(항-NMDA 수용체 뇌염)'
			   ,2
		   FROM DUAL
		 UNION ALL
		 SELECT '105'
			   ,'2006-03-19'
			   ,'2019-12-13'
			   ,'DI048802'
			   ,'Autoimmune encephalitis(자가면역 뇌염)'
			   ,3
		   FROM DUAL)
  SELECT A.*
		,B.YYMMDD
		,B.DT
		,B.CD
		,B.CD_NM
		,B.SEQ
		,C.YYMMDD
		,C.DT
		,C.CD
		,C.CD_NM
		,C.SEQ
	FROM T A
		LEFT OUTER JOIN T B
			ON A.MAIN_NO = B.MAIN_NO AND B.SEQ = 2
		LEFT OUTER JOIN T C
			ON A.MAIN_NO = C.MAIN_NO AND C.SEQ = 3
   WHERE A.SEQ = 1