억 업데이트 항목이 1개네요,  항목 3개에 대상 테이블 2개로 봤습니다.

내용 수정하여 업데이트 구문 올려주셨는데,
여기서 EM_ORDER_GOODS_TEST 요 테이블은 갑작이 왜 나오나요? ㅋㅋ

위에 내용과 일관성 있는 테이블 정보를 주셔야 왜 업데이트 건수가 늘었나 확인할 수 있습니다.
새로운 테이블은 구조와 데이타 내용을 모르기 때문에 왜 업데이트 건수가 늘었나 알 수 없습니다. ^^;

맨위 질의 올려주신

SELECT B.WMS_CLHADT, B.WMS_CLHA_CLASS, C.ORDER_STATUS

FROM EM_HMNW_RECIPT_HIS_TEST A, EM_ORDER_DETAIL_TEST B, EM_ORDER_GOODS_TEST C

WHERE B.WMS_CLHADT = TO_DATE ('20130902', 'YYYYMMDD')

AND (A.ORD_NUM = B.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = B.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = B.GOODS_SEQNO)

AND (A.ORD_NUM = C.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = C.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = C.ORD_DEAL_SEQ)

요게 967건 뜬고 업데이트 967건 되어야 한다면.
일단 C는 다음과 같이 하시면 될거 같습니다.

update
 EM_ORDER_GOODS_TEST c
set
 ORDER_STATUS = '10'
where exists(
 select
	 1
 from
	 EM_HMNW_RECIPT_HIS_TEST A,
	 EM_ORDER_DETAIL_TEST B
 where
	 B.WMS_CLHADT = TO_DATE ('20130902', 'YYYYMMDD')
	 AND (A.ORD_NUM = B.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = B.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = B.GOODS_SEQNO)
	 AND (A.ORD_NUM = C.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = C.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = C.ORD_DEAL_SEQ)
 );


B는 말씀주신 것처럼 바꿔쓰시면 될거 같아용.

-- ORDER_STATUS = '' 업데이트 쿼리
UPDATE EM_ORDER_GOODS
SET ORDER_STATUS = '18'
WHERE 1=1
AND (ORD_NUM, GOODS_ID, ORD_DEAL_SEQ) IN 
(
SELECT C.ORD_NUM, C.GOODS_ID, C.ORD_DEAL_SEQ
FROM EM_HMNW_RECIPT_HIS A, EM_ORDER_DETAIL B, EM_ORDER_GOODS C
WHERE B.WMS_CLHADT = TO_DATE ('20130902', 'YYYYMMDD')
AND (A.ORD_NUM = B.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = B.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = B.GOODS_SEQNO)
AND (A.ORD_NUM = C.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = C.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = C.ORD_DEAL_SEQ)
)
-- WMS_CLHA_CLASS = '', WMS_CLHADT = '' 업데이트쿼리
UPDATE EM_ORDER_DETAIL
SET WMS_CLHA_CLASS = '', WMS_CLHADT = ''
WHERE 1=1
AND (ORD_NUM, GOODS_ID, GOODS_SEQNO) IN 
(
SELECT C.ORD_NUM, C.GOODS_ID, C.ORD_DEAL_SEQ
FROM EM_HMNW_RECIPT_HIS A, EM_ORDER_DETAIL B, EM_ORDER_GOODS C
WHERE B.WMS_CLHADT = TO_DATE ('20130902', 'YYYYMMDD')
AND (A.ORD_NUM = B.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = B.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = B.GOODS_SEQNO)
AND (A.ORD_NUM = C.ORD_NUM AND A.GOODS_ID = C.GOODS_ID AND A.ORD_DEAL_SEQ = C.ORD_DEAL_SEQ)
)

이렇게 해결하였습니다.
매우매우 감사합니다. 
그런데 마농님께서 인덱스 만들라구 하셧는데
인덱스 무었인가요?
테이블 인덱스 만들기로 검색해도 안나와서 질문드립니다(__)