서버 응용 개발 하실 때 도움이 될 것 같고요.
2년 정도 파견이시라면 해보시는 것도 좋을 것 같습니다.
개인적으로 개발자가 기본 소양으로 알고 있어야 할 부분들이 많은 것 같습니다.

서버를 설치하고 관리하고 응용하고
스토리지 백업을 응용하고
분산 환경을 응용하고
병철 처리를 응용하고
스크립트 언어(Shell-Script, Perl, Python)를 다뤄 서버를 응용하고
보안 및 네트워크 처리를 응용하고
등등 순수 개발만 지향하는 것과 좀 영역이 다르지만
개발 능력 뿐만 아니라 개발 응용에 대한 이해가 넒어질 수 있다고 봅니다.
물론 여기에도 "하기나름"이란 수식어가 따라다닙니다.
메뉴얼적으로 SE 하다 나오면 뭐 이것도 저것도 한것이 없을 수 있습니다.
그냥 나 쌈바 서버 정도만 설정할 수 있다 하실거 같으면 추천 안합니다.

결론은
경력만 만드실 요량이라면 SE 지향하지 마세요.
그냥 시간만 보낸 개발자 보다 더 어중간해집니다.

그리고
WAS나 WEB 설치 및 관리, L4 환경 구성 등만 할거 같으면
웹개발자로 관련 아키텍쳐 배우기는 좋으며 남는 시간에 공부하기 좋습니다.

그리고... SE 를 하냐 보다, 회사가 개인 비전을 보장해주냐가 결정에 대한 선택에 될 수 있어 보입니다.
다른말로 회사 특징이 그냥 용역 파견업인데 SE로 간다면....
이건 심각하게 다시 생각해봐야할 문제인거 같습니다... 

두서 없이 썼지만...
경험적으로 제일 중요한 것은 어디에서 무엇을 하냐보다
어디에서 무엇을 하든 개발자로 좋은 성향을 가지고 노력하고 행동하는 사람이 개발 잘 하는거 같습니다.

아발란체님 답변 감사드립니다.^^

제 개인적인 생각으로도 SE 업무가 개발 및 IT를 하는데 많은 도움이 될 것 같습니다. 
적극적으로 하시면 인프라 및 시스템 전반에 대해서 많은 지식을 습득하고, 좋은 경험이 될 것 같네요..