단순히 IN / Exists의 비교는 어렵습니다.
아마도 그 정도의 속도차이가 있다면 실행계획이 서로 다를 것 입니다.
두 쿼리의 실행계획 차이를 확인 해 보세요...Toad, 오렌지등에서 Ctrl+E를 누르면 나옵니다.

아무런 정보 없이 질문내용으로만 조심스럽게 추측해보면,
IN조건이 공급자역할로 되어, 이 값을 받는 메인 테이블 선행컬럼의 선택도가 비교적 떨어질거라고 추측해봅니다.(Random Access 횟수 증가로 인한 성능저하 발생)

하지만, 이 컬럼이 Exists로 빠졌을때, 다른 인덱스 또는 테이블 Full scan을 타게되고, Exists절에서 대부분 조인에 성공하는 것으로 필터링 데이터가 구성되었다면,
이런 정도의 속도차이는 나겠지요...;