분류가 맞는지 모르겠습니다만...

지금 현재 운영중인 곳이 DB 서버가 3개 정도 됩니다.(공공기관이라 내부,외부,중계)

내부DB 쪽에서 중계DB쪽으로 특정테이블에 작업을 합니다.(매일)
내부DB의 인사정보(인사,부서)를 중계DB 에 등록하는 작업을 합니다.
작업할때는 중계DB 테이블 데이터를 모두 삭제하고
내부DB를 등록합니다.

좀 의문이 드는게 이렇게 되면 index나 pk index?(이부분은 맞는지 모르겟네요) 가 영향을 받는게 아닌지요?
아직 이렇게 작업한지 얼마 되지 않았지만...
지금 외부DB에서  중계DB데이터를 이용하여 (DB Link 이용) 하는 프로그램이 시행초기입니다.
초기에는 별 문제 없겠지만 일정 기간 이상 지나면 속도나 이런 문제점이 없겠는지요?

혹 문제점이 있다면 해결은 어떻게 해야 할지...의견좀 부탁드립니다.