한달만 뽑으로 실려면.. DUAL 을 이용하시구요,

SELECT PERNO,COUNT(LV)
FROM(SELECT PERNO,LV
FROM T,(SELECT TO_CHAR(20090100+LEVEL) LV FROM DUAL CONNECT BY LEVEL <=31) B
WHERE B.LV BETWEEN A.ST_DT AND A.END_DT
GROUP BY PERNO,LV)
GROUP BY PERNO

전체를 다 뽑아야 된다면 대용량이 될지는 않겠지만
DUAL 테이블을 따로 만드셔서 INDEX 걸어서 하시는게 좋은듯.ㅎ^^;

select t.perno, count(distinct s_date) work_dt
from t
, (select to_char(to_date(20090101,'yyyymmdd')-1+level,'yyyymmdd') s_date
from dual
connect by level <= to_char(last_day(to_date(20090101,'yyyymmdd')),'dd')
) copy_t
where s_date between t.start_date and t.end_date
group by t.perno

with sam1 as
(select '0001' perno, 'A001' project, '20090101' st_dt, '20090104' end_dt from dual
union all
select '0001' perno, 'B001' project, '20090104' st_dt, '20090108' end_dt from dual
union all
select '0001' perno, 'C001' project, '20090111' st_dt, '20090114' end_dt from dual
union all
select '0001' perno, 'C001' project, '20090116' st_dt, '20090125' end_dt from dual
union all
select '0002' perno, 'C001' project, '20090101' st_dt, '20090110' end_dt from dual
union all
select '0002' perno, 'C001' project, '20090112' st_dt, '20090120' end_dt from dual
)
select min(perno), min(check_flag) st_dt, max(check_flag) end_dt, count(*) work_dt from
(
select a.perno, st_dt + level-1 check_flag from sam1 a
connect by level <= end_dt - st_dt + 1
group by a.perno, a.st_dt + level-1
)
group by perno
order by 1;

3번재로 달아봅니다. 거의 거기서 거기라 비슷하네요.

답은 나오는데요. 결과는 느리네요. 날짜를 길게 잡을수록 계층쿼리가 기하급수적으로 늘어나서 작업량이 많아지고, 시간도 늘어나는건 어쩔수가 없네요.

답변 고맙습니다.
호야님꺼 해봤는데 신기하게 되네요..ㅡㅡ;;
이해는 잘 안되지만 열심히 찾아보고 배워야겠네요.
다들 너무 고맙습니다.^^

호야님 조언대로 테이블 따로 만들어서 다시 해봤습니다.

SELECT PERNO
,COUNT(*) CNT
FROM (SELECT A.PERNO
,B.YMD
FROM PRJ_SALARY A
,COPY_YMD B
WHERE B.YMD BETWEEN A.ST_DT AND A.END_DT
GROUP BY A.PERNO,B.YMD)
GROUP BY PERNO
;