사용해보진 않았지만, 프로시저에서 shell을 실행하고 shell에서 java 어플리케이션을 호출하면 될 것 같긴합니다만....
하지만 꼭 저렇게 할수 밖에 없는 상황이 아니라면 자바에서 프로시저를 호출해서 결과를 return받아서 다시 java를 호출하는 방식이 바람직해 보입니다.

혹시 참고가 될까하여 사용자팁의 링크를 올립니다.
http://www.gurubee.net/article/10006
http://www.gurubee.net/article/10003
http://www.gurubee.net/article/10368

저도 안써봐서 자세하게 이렇게 저렇게 하라고 말씀드릴 수는 없지만..
오라클pl/sql 내부에서 자바 클래스를 직접 포함해서 사용할 수 있다고 알고 있습니다.

http://download.oracle.com/docs/cd/B19306_01/appdev.102/b14261/subprograms.htm#sthref1828

오호~ 웅님 그런 방법도 있군요. 재밌겠네요. 한번 테스트해봐야겠네요.